Если я правильно понял, Вы организуете перевозку груза резидента полностью вне территории России.
Если это так, то и сама перевозка и Ваша агентская услуга вообще не будет облагаться НДС, поскольку оказана за пределами России.
Читаем первоисточник – гл. 21 НК РФ:
Статья 148. Место реализации работ (услуг)
1. В целях настоящей главы местом реализации работ (услуг) признается территория Российской Федерации, если:
...
4.1) услуги по перевозке и (или) транспортировке, а также услуги (работы), непосредственно связанные с перевозкой и (или) транспортировкой (за исключением услуг (работ), непосредственно связанных с перевозкой и (или) транспортировкой товаров, помещенных под таможенный режим международного таможенного транзита), оказываются (выполняются) российскими организациями или индивидуальными предпринимателями в случае, если пункт отправления и (или) пункт назначения находятся на территории Российской Федерации.
Местом реализации услуг также признается территория Российской Федерации, если транспортные средства по договору фрахтования, предполагающему перевозку (транспортировку) на этих транспортных средствах, предоставляются российскими организациями и индивидуальными предпринимателями и пункт отправления и (или) пункт назначения находятся на территории Российской Федерации. При этом транспортными средствами признаются воздушные, морские суда и суда внутреннего плавания, используемые для перевозок товаров и (или) пассажиров водным (морским, речным), воздушным транспортом;
4.2) услуги (работы), непосредственно связанные с перевозкой и транспортировкой товаров, помещенных под таможенный режим международного таможенного транзита, оказываются (выполняются) организациями или индивидуальными предпринимателями, местом осуществления деятельности которых признается территория Российской Федерации;
...
1.1. В целях настоящей главы местом реализации работ (услуг) не признается территория Российской Федерации, если:
...
5) услуги по перевозке (транспортировке) и услуги (работы), непосредственно связанные с перевозкой, транспортировкой, фрахтованием, не перечислены в подпунктах 4.1 и 4.2 пункта 1 настоящей статьи.
...
3. Если реализация работ (услуг) носит вспомогательный характер по отношению к реализации основных работ (услуг), местом такой вспомогательной реализации признается место реализации основных работ (услуг).
4. Документами, подтверждающими место выполнения работ (оказания услуг), являются:
1) контракт, заключенный с иностранными или российскими лицами;
2) документы, подтверждающие факт выполнения работ (оказания услуг).
Подведем итог.
У Вас перевозчиком является НЕ российская организация. Стало быть, даже, если один из пунктов (отправления или прибытия) находятся в России, то для нее не подходит ни подп. 4.1, ни подп. 4.2 п.1. Следовательно действует в полной мере подп. 5 п. 1.1. Значит территория оказания услуги «транспортировка» находится вне территории России. Поэтому она не облагается НДС (даже по ставке 0%).
Агентские услуги носят вспомогательный характер. И поскольку они «вспомогают» перевозке, то на основании п. 3 тоже считаются оказанными за рубежом. И тоже не облагаются НДС.
А раз нет ставки 0%, то не нужна и «нулевая» декларация. Хотя отдельно ее и нет сейчас – есть раздел в обычной декларации по НДС. Никаких документов, подтверждающих право на ставку 0% собирать не надо.
А вот в подтверждение места оказания услуг нужно приготовить:
- контракт на перевозку;
- агентский договор (контракт);
- отчет агента с документами, подтверждающими перевозку, утвержденный принципалом;
- акт выполненных работ (правда, я не уверен, что он здесь уместен).
Успехов!